Sekolah Rendah Islam SRI Johor Bahru (SRIJB) telah ditubuhkan pada tahun 1989 di Hartanah Waqaf Pendidikan Almarhumah Tunku Ampuan Mariam Binti Almarhum Sultan Abu Bakar yang dirujuk sebagai Waqaf Tunku Ampuan Maryam (WTAM) di Jalan Abdul Rahman Andak, Johor Bahru. Dahulunya tapak ini merupakan tapak asal Kolej Tunku Ampuan Mariam (KTAM) yang diasaskan oleh Almarhumah Tan Sri Zainun binti Munsyi Sulaiman atau lebih dikenali dengan panggilan Ibu Zain.

Setelah 6 tahun bertapak di kawasan ini, pelajar-pelajar KTAM di bawah pentadbiran Jabatan Pendidikan Johor telah berpindah ke tapak bangunan sendiri di Taman Johor Jaya. Berikutan itu, atas kekurangan kelas dan sambutan yang menggalakkan daripada para penduduk setempat khususnya di Johor Bahru, SRIJB telah berpindah ke bangunan yang ditinggalkan oleh KTAM. SRIJB telah diberikan hak sewaan selama 20 tahun mulai Ogos 1996 hingga 2016 melalui Majlis Jumaah Trustee Hartanah Waqaf Pendidikan Almarhumah Tunku Ampuan Mariam.

Mengakui keperluan Tanah dan bangunan WTAM adalah waqaf yang dilafazkan oleh Yang Mulia Tunku Ampuan Mariam Binti Sultan Abu Bakar pada tahun 1947 dan dimeteri niatnya di mahkamah persekutuan, pada tahun 2007 melalui Mahkamah Syariah, Hartanah Waqaf Pendidikan Almarhumah Tunku Ampuan Mariam tersebut telah diserahkan kepada Majlis Agama Islam Johor (MAINJ). Ini sejajar dengan enakmen undang – undang Islam negeri Johor di mana semua harta waqaf alih dan tidak alih di Negeri Johor mestilah didaftarkan dan diserahkan kepada MAINJ.

Almarhumah Tunku Ampuan Mariam selaku pewaqaf telah mengikrarkan waqaf tanah dan bangunan itu untuk pendidikan tinggi wanita Islam negeri Johor khasnya dan Malaysia amnya. Pihak Lembaga Pengelola Sekolah telah melaksanakan hasrat pewaqaf dengan mengimarahkan Hartanah Waqaf ini sebagai Pusat Sehenti Pendidikan Islam daripada peringkat taska, pra sekolah, sekolah rendah hingga ke pringkat menengah, seterusnya menyumbang kepada masyarakat selari dengan gagasan ke arah Johor Islami.

Sekolah SRI Johor Bahru merupakan sebuah institusi pendidikan rendah yang berdaftar dengan Jabatan Pelajaran Negeri Johor dan Jabatan Agama Islam Negeri Johor. Walaupun ianya dikategorikan sebagai sebuah sekolah swasta, namun operasinya bukan berasaskan keuntungan. Dengan menggunakan Kurikulum Bersepadu iaitu Kurikulum Standard Sekolah Rendah (KSSR) dan Kurikulum Sekolah Rendah Agama Johor serta pembangunan insan berasaskan nilai-nilai Pendidikan Al-Hikmah (PAH), kini telah mempunyai pengalaman lebih 30 tahun dalam dunia pendidikan.