Sekretariat ABIM Negeri Johor diuruskan oleh oleh staf sepenuh masa dan dibantu oleh ahli dan juga sukarelawan. Beberapa unit telah diwujudkan iaitu :

• Unit Pentabiran, Pengurusan & Kewangan
• Unit Latihan & Pengurusan Sukarelawan
• Unit Pembangunan Sosial & Wanita
• Unit Islamic Outreach - Saudara Baru (Outreach)
• Unit Dakwah Dan Pembangunan Insan

Sekretariat ABIM Negeri Johor bertanggungjawab untuk :

1. Melaksanakan segala keputusan, dasar dan polisi yang telah ditetapkan oleh AJK ABIM Negeri Johor dalam menjayakan visi dan misi ABIM keseluruhannya.
2. Menyelaraskan, menjayakan serta merealisasikan agenda ABIM Negeri Johor melalui pelbagai mekanisme sama ada program, usahasama dan lain-lain.
3. Memenuhi program jemputan anjuran pelbagai pihak sama agensi kerajaan, swasta, IPT mahupun NGO yang terlibat dalam proses pembangunan kualiti keinsanan masyarakat pelbagai sektor di negeri ini.
4. Membina jaringan dengan pelbagai pihak sama ada agensi kerajaan, swasta mahupun NGO lain untuk menyalurkan pandangan, idea, input serta cadangan dalam meningkatkan kualiti keinsanan masyarakat pelbagai sektor di negeri.
5. Memantau perkembangan pembangunan kualiti ahli melalui pelbagai pendekatan. Seperti penyertaan ahli di dalam Kumpulan Pengkajian Islam (usrah) bersifat mingguan; penyertaan & partisipasi menyeluruh ahli di dalam program-program anjuran ABIM Negeri Johor khususnya pembangunan kualiti keinsanan diri; penyertaan ahli ke Muktamar Sanawi ABIM Pusat, Negeri & Daerah (Tahunan); dan pernyertaan ahli dalam menjayakan program ABIM Pusat & Luar negara